1959年，学院推荐教师施兴明报考组织胚胎学研究生，蒋位庄报考寄生虫学研究生并制定了3年研究生培养计划。1960年，培养精神病学、神经病学、内科学消化系、循环系、胸外科学、泌尿科学、传染病学、眼科学、放射医学、理疗学、临床检验学等各专业研究生11名；1961年，培养胸内科学、骨科学、耳鼻咽喉科学、妇产科学、儿科学、皮肤（性）病学、肿瘤学、生物化学、生物学、寄生虫学、公共卫生学等各专业研究生11名；1962年，培养泌尿内科学、放射医学、理疗学、临床检验学、人体解剖学，药理学等专业研究生9名。但由于受院体制变动频繁等诸多条件的限制，三年的研究生培养计划未能全部落实。在这以后的10余年里，研究生培养工作一直处于停滞状态。

1979年，学院恢复招收研究生。微生物学、免疫学技术招收2名。 1983年，招收研究生2名。1984年招收研究生3名。1985年，招收研究生27名，其中7名在本院培养，20名分别在第二军医大学、白求恩医科大学、兰州医学院、山东中医学院、山东医学院、北京中医学院、浙江医科大学等代培。1986年，招收研究生4名。1987-1993年暂时中断了研究生招生工作。1994年初，有47名中、青年教师参加了由学院举办的研究生课程班学习。

随着学院的不断发展，学院党政领导极其重视硕士研究生授权点的建设工作，多次召开专题会议，制定研究生管理规章制度，出台一系列研究生管理文件，不断完善和规范研究生教育培养体系。

2004年，青海医学院和青海大学整合，成立新的青海大学，研究生管理工作还是由原青海医学院师资研究生管理科负责。2006年，随着研究生招生规模的不断扩大，为了加强研究生教育管理工作，单独设立了研究生办公室。2010年，青海大学医学院研究生办公室整体搬迁至青海大学研究生院。2013年，为了适应新的医学研究生教育的要求，学院成立了青海大学医学院研究生管理办公室。

目前，青海大学医学院拥有内科学（高原医学方向）、民族医学（中藏药学方向）2个二级学科博士学位授权点，基础医学、临床医学2个一级学科硕士学 位授权点，中西医结合临床学术学位硕士授权点，临床医学、公共卫生与预防医 学、药学、中医内科学、中医五官、针灸推拿、中西医结合临床等专业学位硕士 授权点。截止2019年10月，医学院医学学科研究生导师111名，博士生导师20名。在校博士生46名，硕士生166名。