基础医学研究中心初建于2012年，坐落于青海大学圣汇楼4楼，总面积约2500m²，实验室15间。是青海大学医学部专门从事基础医学科学研究重要的依托平台，是基础医学一级博士学位点计划培育、硕士生培养和大学生创新性项目的教学科研与实践基地。研究中心现有分子与生化实验室、微生物实验室、免疫与病理实验室，药物化学实验室、高效液相分析室、高通量测序室、细胞室等功能实验室。2018年至今通过青海大学综合能力提升计划和人才建设计划、两级财政专项等，投入建设基金400万元左右，新增实验设备近90台，实验设备总价值达到988万元。截至目前拥有超低温冷冻冰箱，核酸蛋白电泳仪，凝胶成像仪，普通PCR仪，荧光定量PCR，Agilent高效液相色谱仪，HITACHI超高速离心机，倒置荧光显微镜，多功能酶标仪，核酸浓度测定仪，FACS流式细胞仪，Mili-Q纯水仪，生物安全柜、超净台，高压灭菌锅，旋转蒸发仪，冻干机等常用实验设备，可开展分子生物学、基因组与转录组学、病原与应用微生物学、蛋白质工程、药物化学等科学领域的研究。